Родился 2 января 1974 года в районном центре Маслянино Новосибирской области.

В 1993 году был призван на службу во внутренние войска МВД России. Службу проходил в отряде специального назначения «Витязь».

Неоднократно выполнял служебно-боевые задачи в Северо-Кавказском регионе.

Участвовал в пресечении вооружённого мятежа в Нальчикском следственном изоляторе, где взбунтовались осуждённые. Многие из них были вооружены огнестрельным и холодным оружием. Спецоперация завершилась, к счастью, без большой крови. Спецназовцы действовали решительно и мужественно. После безуспешных переговоров они с помощью специальных средств захватили второй этаж и заставили осуждённых сдаться.

Во время командировки во Владикавказ в период осетино-ингушского конфликта участвовал в операциях по разоружению боевиков, сопровождению парламентёров, охране железнодорожных составов.

Во время разведки близ села Али-Юрт маневренная группа, в которой был и Николай Ситников, прибыла к подножию холма, с которого боевики периодически обстреливали село. Для осмотра здания на вершине выдвинулся разведывательный дозор, который и обнаружил там вооружённого человека. Боевик начал стрельбу, одновременно из пяти-шести точек лесного массива на разведдозор обрушился шквал огня из всех видов оружия. У врагов помимо пулемётов, «работал» снайпер и гранатомётчик.

В результате обстрела кумулятивная граната по касательной попала в башню БТР, ранив водителя. Николай Ситников, находившийся в этой же машине, чудом остался жив.

Погиб Николай во время октябрьских событий в Москве 3 октября 1993 года в техническом центре АСК-3 телецентра «Останкино» в Москве, получив смертельное ранение от осколка гранаты.

Похоронен на кладбище посёлка городского типа Маслянино Новосибирской области.

Указом Президента Российской Федерации от 7 октября 1993 года за мужество и героизм, проявленные при выполнении специального задания, рядовому Ситникову Николаю Юрьевичу присвоено звание Героя Российской Федерации (посмертно).

Он навечно зачислен в списки личного состава воинской части.