Родился 5 января 1980 года в Махачкале.

В 1997 году окончил махачкалинскую среднюю школу № 13.

Многократный чемпион и призер международных соревнований по кикбоксингу, мастер спорта международного класса, чемпион Всероссийского турнира по единоборству среди работников МВД РФ.

В 1997 году поступил на юридический факультет Дагестанского государственного университета. По окончании вуза поступил на службу в отряд милиции особого назначения. С 2003 года служил в специальном отряде быстрого реагирования (СОБР) МВД по Республике Дагестан.

9 октября 2005 года отряд милиции специального назначения проводил специальную операцию по нейтрализации террористов, укрывающихся в одном из домов по улице Первомайская города Махачкалы.

В ходе штурма Магомедшамиль Абдурагимов ворвался внутрь помещения и уничтожил террориста-смертника, который готовился привести в действие взрывное устройство. Однако сам Магомедшамиль в перестрелке был несколько раз ранен, но не вышел из боя и занял позицию внутри здания.

Тем временем ожесточенный бой с бандитами продолжался уже на улице. Бандиты оказывали сотрудникам СОБРа отчаянное сопротивление. Магомедшамиль, не обращая внимания на свои ранения, бросился на помощь товарищам. Выбежав через дверной проем, он укрылся за стоящей неподалеку машиной. Прямо перед ним взорвалось несколько гранат. Положение было сложное, к тому времени один боец спецназа уже был тяжело ранен, другой погиб. Из-за плотного огня и ограниченной зоны видимости трудно было поменять позицию, а главное –контролировать передвижения преступников, чтобы не дать им вырваться из окружения.

На линии огня, прямо перед Магомедшамилем лежал истекающий кровью командир – Сергей Подвальный. Террористы, понимая, что собровцы не бросят товарища и попытаются спасти его, использовали раненого в качестве приманки и держали его на прицеле. Они рассчитывали, что бойцы обязательно предпримут попытку вынести командира из-под огня…

Кузов машины надежно защищал Абдурагимова, позволяя хорошо видеть поле боя. Магомедшамиль успел заметить, откуда по его другу велся огонь. На выручку попавшим в западню сослуживцам пришли бойцы, державшие оцепление района проведения спецоперации. Они выстрелили из гранатомета по окну помещения, в котором оборудовали свою огневую точку бандиты.

Но точно в окно попасть не удалось, взрыв прогремел немного сбоку. Однако этих мгновений, которые вызвали замешательство у террористов, хватило Магомедшамилю, чтобы выскочить из своего укрытия и, подобравшись вплотную к стене дома, бросить в окно гранату. Взрыв! В следующие секунды мужественный собровец был уже рядом с раненым командиром. Последнее, что услышали товарищи Абдурагимова – грохот автоматных очередей и его крик: «Сергей, отползай за угол, я тебя прикрою». В этот момент из-за угла дома террористы выстрелили по спецназовцу из гранатомета…

Указом Президента Российской Федерации от 29 мая 2006 года за мужество и героизм, проявленные при задержании и уничтожении вооруженных преступников, смелые и решительные действия в условиях, сопряженных с риском для жизни, старшему лейтенанту милиции Абдурагимову Магомедшамилю Магомедовичу присвоено звание Героя Российской Федерации (посмертно).

В Республике Дагестан проводятся турниры по спортивным боям памяти Героя Российской Федерации Магомедшамиля Абдурагимова. В честь него в селе Параул Карабудахкентского района названа улица.