Родился 26 июня 1986 года в городе Покрове Владимирской области. В 2004 году окончил профессиональное училище № 47 города Балашихи Московской области.

В 2005 — 2007 годах проходил службу по призыву в Президентском полку Федеральной службы охраны РФ. После увольнения в запас, в 2007 году заключил контракт о прохождении военной службы во внутренних войсках МВД России. В составе разведывательной группы Центра специального назначения «Витязь» участвовал в контртеррористических операциях на Северном Кавказе.

16 сентября 2009 года разведывательная группа Центра специального назначения «Витязь» внутренних войск МВД России принимала участие в специальной операции в Республике Дагестан. У скального подножья хребта Таркитау спецназовцы обнаружили полевой лагерь боевиков и заняли позиции вокруг него. Визуальный осмотр не позволил определить наличие бандитов. Для более тщательной проверки на территорию полевого лагеря выдвинулись несколько военнослужащих, и буквально через несколько секунд они попали под автоматный огонь бандитов, устроивших засаду. Спецназовцы открыли ответный огонь и, используя рельеф местности, попытались отойти к основным силам разведгруппы.

В этот момент сержант Алексей Ситников, который прикрывал манёвр спецназовцев, заметил, как один из бандитов, имея при себе взрывное устройство, пытается скрытно подобраться к досмотровой группе. Если бы ему удалось довести до конца свой коварный замысел, боевики получили бы численное преимущество, а спецназовцы могли понести большие потери.

Ситуация складывалась так, что действовать нужно было быстро и решительно. Улучив момент, Алексей Ситников бросился к бандиту. Спецназовцу удалось дотянуться до боевика, приёмом рукопашного боя сбить его с ног и уничтожить огнём из пулемёта. Однако в этой схватке Алексей получил множественные огнестрельные ранения. Он ещё успел по радиостанции доложить о выполнении боевой задачи и стал выходить к своим, но из-за потери крови потерял сознание на полпути к основным силам. С линии огня мужественного спецназовца вынес его боевой товарищ. Сержанта Алексея Ситникова доставили в госпиталь Каспийска, но полученные  ранения оказались не совместимы с жизнью.

Благодаря мужественному поступку сержанта Алексея Ситникова удалось спасти жизнь военнослужащих разведгруппы, а поставленная спецназовцам задача была выполнена.

Указом Президента Российской Федерации от 10 февраля 2010 года сержанту Ситникову Алексею Сергеевичу присвоено звание Героя Российской Федерации (посмертно).